一、扩增子测序
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。
16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目的区域,通过检测目的区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。
二、扩增子测序的优势:
采用目前Illumina HiSeq最长测序平台,可以满足16S 1~2个高变区的测序分析。3天内同时完成3,000个16S样本的测序,测序准确度较MiSeq平台提高10%,而拼接效率较MiSeq平台提高25%,以此获得更全面的菌群信息。
三、扩增子测序操作步骤:
1、研究对象的选取;
2、提取基因组DNA,DNA浓度需要达到5ng/ul,总量需要大于等于150ng;
3、构建PCR-free文库;
4、PE250测序;
5、信息分析 分析内容=标准分析+高级分析,基于目的区域的测序,检测序列丰度,以充分研究环境微生物多样性和群落差异性。
四、服务周期:
45天左右
16s扩增子测序/宏基因组测序价格
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