关于蛋白等电点的谈论:)
上一篇 / 下一篇 2007-07-19 22:25:33/ 个人分类:蛋白质组
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评论( 4 )
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- firefox发布于2007-07-18 00:58:39
-
说得好!蛋白质组学分析本身是一个复杂的工作。需要综合运用各种实验结果去推断。其实,我常把蛋白质的鉴定比做公安中识别罪犯。如果,我们只知道一个特征,比如:这个蛋白叫作“张三”,恐怕数据库检索的结果给出的有千千万,如果我们知道更多的特征,这里,我们称为PMF(指纹),或者更多的关于序列的信息,识别的、尤其是唯一鉴定的可靠性就会大大增强。
- snow_white发布于2007-07-18 00:59:46
- haha,理论一定要联系实践嘛!
- mass发布于2007-07-18 01:01:15
- 来点基础的:
等电点:如果调节溶液的PH值使得其中的氨基酸呈电中性,我们把这个PH值称为氨基酸的等电点:PI。
PI是氨基酸的重要常数之一,它的意义在于,物质在PI处的溶解度最小,是分离纯化物质的重要手段。
等电点的计算:对于所有的R基团不解离的氨基酸而言(即解离只发生在α-羧基和α-氨基上),计算起来非常简单:
PI=(PK1’+PK2’)/2
若是碰到R基团也解离的,氨基酸就有了多级解离,这个公式就不好用了,比如Lys、Glu、Cys等。aa Cys Asp Glu Lys His ArgPK’α-羧基 1.71 2.69 2.19 2.18 1.82 2.19PK’α-氨基 8.33 9.82 9.67 8.95 9.17 9.04PK’-R-基团 10.78(-SH) 3.86(β-COOH) 4.25(γ- COOH) 10.53(ε-NH2) 6(咪唑基) 12.48(胍基)
在这种情况下可以按下面的步骤来计算:
1)由PK’值判断解离顺序,总是PK1’< PK2’< PK3’< …,即谁的PK’值小,谁就先解离。
2)按照解离顺序正确写出解离方程式:简式,注意解离基团的正确写法。
3)找出呈电中性的物质,其左右PK’值的平均值就是氨基酸的等电点:PI=(PK左’+PK右’)/2
以Lys为例:在黑板上用简式演示3)
等电点的测定:等电聚焦法:这是一种特殊的电泳,其载体上铺有连续的PH梯度的缓冲液,然后将氨基酸点样,只要该处的PH与氨基酸的PI不同,则氨基酸就会带电,PH值>PI时,aa带-电;PH值<PI时,aa带+电。通电后,氨基酸就会移动,直到某处的PH=PI,氨基酸才呈电中性,不再移动,因此,可以测出PI。
等电点沉淀
所有的氨基酸均为两性物质,亦即它们至少含有一个酸性基(carboxyl)及一个碱性基(α-amino)。这些可游离的团基在pH变化时,因释出或接受质子而可充当弱酸或弱碱,其离子化特性与其它物质一样遵守Henderson-Hasselbalch方程式:
pH = pKa + log10 [未质子化的形式(碱)] / [已质子化的形式(酸)]
即
pH = pKa + log [A-] / [HA]
氨基酸可以三种形式存在,即正电荷(cation)、两性离子(zwitterion)或双极性离子(dipolar ion)及负电荷(anion)等三种,若在酸性溶液中带正电荷,则在碱性溶液中带负电荷。
若氨基酸在某一pH值下其净电荷为0,且在电场中不移动时,称此pH值为它的pI值(等电点)。
因为净电荷为零,净电斥力不存在的缘故,大部份蛋白质於等电点的pH值下,其溶解度最小。相反的,当溶液的pH值低於或高於pI,所有蛋白质分子所带净电荷必为同号,彼此之间有相斥力,不会凝结。所以,将pH调到等电点的大小,则大部份的蛋白质将会沉淀,这种现象可以应用於估算某蛋白质的等电点。
- longcz发布于2007-07-18 01:02:51
-
谢谢楼上的:)
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